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pysam

Genomic file toolkit. Read/write SAM/BAM/CRAM alignments, VCF/BCF variants, FASTA/FASTQ sequences, extract regions, calculate coverage, for NGS data processing pipelines.

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Atualizado há 4 meses

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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Pysam

Overview

Pysam is a Python module for reading, manipulating, and writing genomic datasets. Read/write SAM/BAM/CRAM alignment files, VCF/BCF variant files, and FASTA/FASTQ sequences with a Pythonic interface to htslib. Query tabix-indexed files, perform pileup analysis for coverage, and execute samtools/bcftools commands.

When to Use This Skill

This skill should be used when:

  • Working with sequencing alignment files (BAM/CRAM)
  • Analyzing genetic variants (VCF/BCF)
  • Extracting

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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