pysam

Name: pysam
Author: LeoLin990405

Pesquisa e Web

Autor: LeoLin990405

Genomic file toolkit. Read/write SAM/BAM/CRAM alignments, VCF/BCF variants, FASTA/FASTQ sequences, extract regions, calculate coverage, for NGS data processing pipelines.

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Atualizado há 5 meses

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Pysam

Overview

Pysam is a Python module for reading, manipulating, and writing genomic datasets. Read/write SAM/BAM/CRAM alignment files, VCF/BCF variant files, and FASTA/FASTQ sequences with a Pythonic interface to htslib. Query tabix-indexed files, perform pileup analysis for coverage, and execute samtools/bcftools commands.

When to Use This Skill

This skill should be used when:

Working with sequencing alignment files (BAM/CRAM)
Analyzing genetic variants (VCF/BCF)
Extracting

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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