python-bio-control-flow

Name: python-bio-control-flow
Author: Pavel-Kravchenko

DevOps e Infra

Autor: Pavel-Kravchenko

Padrões de fluxo de controle em Python específicos para bioinformática, incluindo iteração de códons, varredura de quadros, busca de motivos e classificação de sequências.

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Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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#ai #python

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Control Flow for Bioinformatics

Bio-Specific Patterns

Codon iteration (range with step 3)

# Correct: stops before incomplete last codon
for i in range(0, len(dna) - 2, 3):
    codon = dna[i:i+3]
    if len(codon) == 3:
        process(codon)

# Wrong: range(len(dna)) produces incomplete final codon

Position-aware iteration

for i, nuc in enumerate(dna):
    # i is 0-based; report as i+1 for 1-based coordinates
    if nuc == 'G':
        positions.append(i)


[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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