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python-bio-generators

Dados e Análise Autor: Pavel-Kravchenko

Padrões de geradores para streaming de dados de bioinformática — leitores FASTA/FASTQ, janelas deslizantes, pipelines de tradução e processamento de sequências com eficiência de memória.

3estrelas
Atualizado há 6 meses
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Como adicionar

/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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#ai #python

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Generators for Bioinformatics

Key Concepts

  • A streaming FASTQ reader that yields one record at a time uses constant memory regardless of file size.
  • Generator pipelines (filter -> trim -> translate) produce results on demand, never storing full datasets in RAM.
  • Generators are single-pass. Once exhausted, they are empty. Convert to list if you need multiple iterations.

Generator Pipelines: No Intermediate Lists

codons  = codon_generator(dna)                 # lazy


[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]
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