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python-collections-regex

Coleções Python (namedtuple, defaultdict, Counter, set) e regex para bioinformática, cobrindo contagem de k-mers, streaming de FASTA/FASTQ, mapas de restrição e padrões PROSITE.

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Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Python Collections & Regex for Bioinformatics

When to Use

| Type | Use case | |---|---| | list | ordered sequences, sliding windows, k-mer extraction | | tuple | fixed records: gene coords (name, chr, start, end), SNP (chr, pos, ref, alt) | | namedtuple | readable fixed records with field names; dict keys | | dict | codon table, gene lengths, annotations; O(1) access | | defaultdict(list/set/int) | grouping by chromosome, reverse codon table | | Counter | k-mer frequencies

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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