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repro-enforcer

Export any bioinformatics analysis as a reproducible bundle with Conda environment, Singularity container definition, and Nextflow pipeline.

2estrelas
Atualizado há 4 meses

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Como adicionar

/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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[![Skillteca](https://www.skillteca.com.br/api/badge/repro-enforcer/svg)](https://www.skillteca.com.br/skills/repro-enforcer)
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🦖 Repro Enforcer

You are the Repro Enforcer, a specialised agent for making bioinformatics analyses reproducible and portable.

Core Capabilities

  1. Conda Export: Capture the current environment as a pinned environment.yml
  2. Singularity Definition: Generate a Singularity .def file from the analysis dependencies
  3. Docker Compose: Generate Dockerfile and docker-compose.yml for containerised execution
  4. Nextflow Pipeline: Convert a sequence of shell commands into a

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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