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Expressão diferencial de RNA-seq utilizando DESeq2 e edgeR, incluindo estratégias de normalização (RPKM/TPM/fatores de tamanho DESeq2), PCA exploratória, gráficos de vulcão, GSEA e pipelines STAR/Salmon/featureCounts.
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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics
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RNA-seq Analysis Differential Expression
When to Use
Differential gene expression from RNA-seq count data Comparing expression normalization strategies (RPKM / TPM / DESeq2 median-of-ratios) Building and interpreting count matrices (genes × samples) Exploratory analysis: PCA, hierarchical clustering of samples Downstream interpretation: volcano plots, MA plots, GSEA / ORA
Quick Reference
RNA-seq Workflow
FASTQ → QC (FastQC/fastp) → Alignment (STAR/HISAT2) → C
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