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rnaseq

Expressão diferencial de RNA-seq utilizando DESeq2 e edgeR, incluindo estratégias de normalização (RPKM/TPM/fatores de tamanho DESeq2), PCA exploratória, gráficos de vulcão, GSEA e pipelines STAR/Salmon/featureCounts.

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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RNA-seq Analysis Differential Expression

When to Use

  • Differential gene expression from RNA-seq count data
  • Comparing expression normalization strategies (RPKM / TPM / DESeq2 median-of-ratios)
  • Building and interpreting count matrices (genes × samples)
  • Exploratory analysis: PCA, hierarchical clustering of samples
  • Downstream interpretation: volcano plots, MA plots, GSEA / ORA

Quick Reference

RNA-seq Workflow

FASTQ → QC (FastQC/fastp) → Alignment (STAR/HISAT2) → C

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]
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