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rnaseq-analysis

Fluxos de trabalho para análise de expressão diferencial e normalização de RNA-seq.

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Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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RNA-seq, Metagenomics & Regulatory Analysis

When to Use

  • Differential gene expression from RNA-seq count data
  • Comparing expression normalization strategies (RPKM/TPM/DESeq2)
  • 16S rRNA amplicon microbiome studies (OTU/ASV, alpha/beta diversity)
  • Promoter scanning: TATA box detection, CpG island calling, PWM/TFBS scanning

Quick Reference

RNA-seq Workflow

FASTQ → QC (FastQC/fastp) → Alignment (STAR/HISAT2) → Count (featureCounts/HTSeq)
                                  OR
  

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]
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