salmon-rna-quantification

Name: salmon-rna-quantification
Author: bg-szy

Design e Frontend

Autor: bg-szy

Ultra-fast RNA-seq transcript/gene quantification via quasi-mapping (no BAM). Builds a k-mer index from transcriptome FASTA, quantifies in minutes. Outputs TPM/count tables (quant.sf) with optional GC- and sequence-bias correction. Integrates with tximeta/tximport for DESeq2/edgeR. Use STAR when a genome-aligned BAM is needed.

2estrelas

Atualizado há 4 meses

Ver no GitHub ↗

Como adicionar

/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

Para o autor da skill

Cole no README do seu repo

Mostra que sua skill está catalogada na Skillteca, gera backlink e tráfego rastreável.

[![Skillteca](https://www.skillteca.com.br/api/badge/salmon-rna-quantification-bg-szy/svg)](https://www.skillteca.com.br/skills/salmon-rna-quantification-bg-szy)

Skills relacionadas

Ver todas de Design e Frontend →

frontend-design

153.1k 2

Cria interfaces frontend distintas e de nível de produção com alta qualidade de design, gerando código criativo e polido e design de UI que evita a estética genérica de IA. Use para construir componentes web, páginas e aplicações, ou para estilizar/embelezar UIs web.

Design e Frontend #ai #css por anthropics

mcp-builder

153.1k

Guia para criar servidores MCP (Model Context Protocol) de alta qualidade que permitem que LLMs interajam com serviços externos por meio de ferramentas bem projetadas. Use ao construir servidores MCP para integrar APIs ou serviços externos, seja em Python (FastMCP) ou Node/TypeScript (MCP SDK).

Design e Frontend #api #llm por anthropics

webapp-testing

153.1k

Kit de ferramentas para interagir e testar aplicações web locais usando Playwright. Suporta a verificação de funcionalidades de frontend, depuração de comportamento da UI, captura de screenshots do navegador e visualização de logs do navegador.

Design e Frontend #test por anthropics

web-artifacts-builder

153.1k

Conjunto de ferramentas para criar artefatos HTML elaborados e multi-componentes para claude.ai, utilizando tecnologias web frontend modernas (React, Tailwind CSS, shadcn/ui). Use para artefatos complexos que exigem gerenciamento de estado, roteamento ou componentes shadcn/ui, não para artefatos HTML/JSX simples de arquivo único.

Design e Frontend #ai #css por anthropics

Alerta por categoria

Receba novas skills de Design e Frontend toda segunda

1 email curto, só com as skills novas de Design e Frontend. 4 minutos de leitura, sem spam, cancela com 1 clique.

Você confirma o email no primeiro envio. Sem spam. Cancela com 1 clique.

Ler descrição completa

Salmon — Fast RNA-seq Quantification

Overview

Salmon quantifies transcript abundance from RNA-seq reads using quasi-mapping — matching reads to a k-mer index of the transcriptome without full genome alignment. This makes Salmon 20–50× faster than alignment-based tools while producing accurate TPM and estimated count values. Salmon corrects for sequence-specific bias (--seqBias), GC-content bias (--gcBias), and fragment length distribution automatically. Output quant.sf files integra

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

Compartilhar X LinkedIn