samtools-bam-processing

Name: samtools-bam-processing
Author: bg-szy

Design e Frontend

Autor: bg-szy

CLI toolkit for SAM/BAM/CRAM: sort, index, convert, filter, QC alignments. Core commands: view, sort, index, flagstat, stats, depth, markdup, merge. Required between alignment and variant/peak calling. Use pysam for Python-native BAM access; deeptools for normalized coverage tracks.

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Atualizado há 4 meses

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samtools — SAM/BAM/CRAM Alignment Toolkit

Overview

samtools is the standard command-line toolkit for processing sequence alignment files in SAM, BAM, and CRAM formats. It handles the complete alignment file lifecycle: format conversion, coordinate sorting, index creation, quality control statistics, read filtering, duplicate marking, and multi-file merging. samtools is a near-universal component of NGS pipelines between alignment (STAR, BWA) and downstream analysis (variant calling, peak

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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