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scikit-bio

Python library for biology: sequence manipulation (DNA/RNA/protein), pairwise/multiple alignment, phylogenetic trees (NJ, UPGMA), diversity (Shannon, Faith PD, Bray-Curtis, UniFrac), ordination (PCoA, CCA, RDA), stats (PERMANOVA, ANOSIM, Mantel), file I/O (FASTA, FASTQ, Newick, BIOM). Use for microbiome, community ecology, or phylogenetics.

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Atualizado há 4 meses

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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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scikit-bio

Overview

scikit-bio is a comprehensive Python library for biological data analysis, spanning sequence manipulation, alignment, phylogenetics, microbial ecology, and multivariate statistics. It provides specialized data structures (DNA, RNA, Protein, DistanceMatrix, TreeNode, TabularMSA) that integrate with the broader Python scientific stack.

When to Use

  • Calculating alpha/beta diversity and running PERMANOVA on microbiome data
  • Building phylogenetic trees from distance

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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