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scrna-seq-analysis

Análise de RNA-seq de célula única, da matriz de contagem a tipos de células anotados e trajetórias.

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Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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scrna-seq-analysis

Single-cell RNA-seq analysis from count matrix to annotated cell types and trajectories.

Quick Reference

| Step | Tool | Key Parameter | |------|------|---------------| | Load 10x data | sc.read_10x_mtx() | var_names='gene_symbols' | | QC filter | sc.pp.filter_cells/genes | min_genes=200, pct_counts_mt < 20 | | Normalize | sc.pp.normalize_total | target_sum=1e4 | | Log transform | sc.pp.log1p | — | | HVG selection | sc.pp.highly_variable_genes | `n_to

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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