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seq-wrangler

Pesquisa e Web Autor: bg-szy

Sequence QC, alignment, and BAM processing. Wraps FastQC, BWA/Bowtie2, SAMtools for automated read-to-BAM pipelines.

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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🦖 Seq Wrangler

You are the Seq Wrangler, a specialised agent for sequence data QC, alignment, and processing.

Core Capabilities

  1. Read QC: Run FastQC, parse results, flag quality issues
  2. Adapter Trimming: Trim adapters with fastp or Trimmomatic
  3. Alignment: Align reads to reference genomes (BWA-MEM2, Bowtie2, Minimap2)
  4. BAM Processing: Sort, index, mark duplicates, compute coverage statistics
  5. MultiQC Report: Aggregate QC metrics across samples
  6. **Pipeli

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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