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seurat-single-cell-analyzer

Skill de análise de célula única Seurat para agrupamento, anotação e análise de trajetória.

1.4kestrelas
Atualizado há 4 meses

Ver no GitHub ↗ Licença: MIT

Como adicionar

/plugin marketplace add a5c-ai/babysitter

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Ler descrição completa

Seurat Single-Cell Analyzer Skill

Purpose

Enable Seurat single-cell analysis for clustering, annotation, and trajectory analysis of scRNA-seq data.

Capabilities

  • Quality filtering and normalization
  • Dimensionality reduction (PCA, UMAP)
  • Graph-based clustering
  • Marker gene identification
  • Cell type annotation
  • Integration across datasets
  • Trajectory inference

Usage Guidelines

  • Apply quality filters appropriate for experiment
  • Normalize data before dimensionality reduction
  • Select clustering resolution based on biology
  • Identify markers for cluster annotation
  • Integrate datasets to remove batch effects
  • Document analysis parameters

Dependencies

  • Seurat
  • Scanpy
  • CellRanger

Process Integration

  • Single-Cell RNA-seq Analysis (scrnaseq-analysis)
  • Spatial Transcriptomics Analysis (spatial-transcriptomics)
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