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single-cell-cellphonedb-communication-mapping

Run omicverse's CellPhoneDB v5 wrapper on annotated single-cell data to infer ligand-receptor networks and produce CellChat-style visualisations.

2estrelas
Atualizado há 4 meses

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Como adicionar

/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Single-cell CellPhoneDB communication mapping

Overview

Apply this skill when a user wants to quantify ligand–receptor communication between annotated single-cell populations and display the networks with CellChatViz. It distils the workflow from [t_cellphonedb.ipynb](../../omicverse_guide/docs/Tutorials-single/t_cellphonedb.ipynb), which analyses EVT trophoblast data.

Instructions

  1. Prepare the environment
  2. Use an environment with omicverse>=0.2, scanpy, anndata, `pa

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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