single-cell-rna-qc

Name: single-cell-rna-qc
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Performs quality control on single-cell RNA-seq data (.h5ad or .h5 files) using scverse best practices with MAD-based filtering and comprehensive visualizations. Use when users request QC analysis, filtering low-quality cells, assessing data quality, or following scverse/scanpy best practices for single-cell analysis.

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Atualizado há 4 meses

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Single-Cell RNA-seq Quality Control

Automated QC workflow for single-cell RNA-seq data following scverse best practices.

When to Use This Skill

Use when users:

Request quality control or QC on single-cell RNA-seq data
Want to filter low-quality cells or assess data quality
Need QC visualizations or metrics
Ask to follow scverse/scanpy best practices
Request MAD-based filtering or outlier detection

Supported input formats:

.h5ad files (AnnData format from scanpy/Python

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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