single-trajectory-analysis

Name: single-trajectory-analysis
Author: bg-szy

Design e Frontend

Autor: bg-szy

Guide to reproducing OmicVerse trajectory workflows spanning PAGA, Palantir, VIA, velocity coupling, and fate scoring notebooks.

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Atualizado há 4 meses

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Single-trajectory analysis skill

Overview

This skill describes how to reproduce and extend the single-trajectory analysis workflow in omicverse, combining graph-based trajectory inference, RNA velocity coupling, and downstream fate scoring notebooks.

Trajectory setup

PAGA (Partition-based graph abstraction)
Build a neighborhood graph (pp.neighbors) on the preprocessed AnnData object.
Use tl.paga to compute cluster connectivity and tl.draw_graph or tl.umap with `

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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