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single2spatial-spatial-mapping

Documentos Autor: bg-szy

Map scRNA-seq atlases onto spatial transcriptomics slides using omicverse's Single2Spatial workflow for deep-forest training, spot-level assessment, and marker visualisation.

2estrelas
Atualizado há 4 meses
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/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

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Single2Spatial spatial mapping

Overview

Apply this skill when converting single-cell references into spatially resolved profiles. It follows [t_single2spatial.ipynb](../../omicverse_guide/docs/Tutorials-bulk2single/t_single2spatial.ipynb), demonstrating how Single2Spatial trains on PDAC scRNA-seq and Visium data, reconstructs spot-level proportions, and visualises marker expression.

Instructions

  1. Import dependencies and style
  2. Load omicverse as ov, scanpy as sc, `anndat

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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