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sragent

Query the Sequence Read Archive (SRA), retrieve scientific publications, and analyze genomics metadata using the SRAgent toolkit. Supports accession conversion (GSE→SRX→SRR), BigQuery metadata queries, manuscript downloads from multiple sources, and scRNA-seq technology identification. Use when working with SRA/GEO datasets, finding publications, or analyzing single-cell sequencing experiments.

2estrelas
Atualizado há 4 meses

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Como adicionar

/plugin marketplace add bg-szy/TOP-SKILLS

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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[![Skillteca](https://www.skillteca.com.br/api/badge/sragent-bg-szy/svg)](https://www.skillteca.com.br/skills/sragent-bg-szy)

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SRAgent: Sequence Read Archive Data and Publication Retrieval

Overview

SRAgent is an agentic workflow system for working with the NCBI Sequence Read Archive (SRA) and Gene Expression Omnibus (GEO) databases. It automates literature discovery, metadata extraction, and manuscript retrieval for genomics datasets.

Setup Instructions

1. Install SRAgent

SRAgent requires Python ≥3.11. Check to see if SRAgent is already installed:

which SRAgent

If SRAgent is not installed,

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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