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star-rnaseq-aligner

Habilidade de alinhamento STAR para mapeamento de leituras de RNA-seq com reconhecimento de emendas e métricas abrangentes de controle de qualidade.

1.4kestrelas
Atualizado há 4 meses

Ver no GitHub ↗ Licença: MIT

Como adicionar

/plugin marketplace add a5c-ai/babysitter

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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[![Skillteca](https://www.skillteca.com.br/api/badge/star-rnaseq-aligner/svg)](https://www.skillteca.com.br/skills/star-rnaseq-aligner)

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Ler descrição completa

STAR RNA-seq Aligner Skill

Purpose

Provide STAR alignment for splice-aware RNA-seq read mapping with comprehensive QC metrics.

Capabilities

  • Splice junction detection
  • Two-pass alignment mode
  • Chimeric read detection (fusions)
  • Gene quantification (--quantMode)
  • Custom genome index generation
  • Output in multiple formats

Usage Guidelines

  • Generate genome indices with annotation
  • Use two-pass mode for novel junction discovery
  • Enable chimeric read detection for fusion analysis
  • Generate quantification in addition to alignments
  • Optimize parameters for read length
  • Document STAR version and parameters

Dependencies

  • STAR
  • HISAT2
  • kallisto

Process Integration

  • RNA-seq Differential Expression Analysis (rnaseq-differential-expression)
  • Single-Cell RNA-seq Analysis (scrnaseq-analysis)
  • Spatial Transcriptomics Analysis (spatial-transcriptomics)
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