string-protein-interaction-analysis-with-omicverse

Name: string-protein-interaction-analysis-with-omicverse
Author: bg-szy

Design e Frontend

Autor: bg-szy

Help Claude query STRING for protein interactions, build PPI graphs with pyPPI, and render styled network figures for bulk gene lists.

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Atualizado há 4 meses

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STRING protein interaction analysis with omicverse

Overview

Invoke this skill when the user has a list of genes and wants to explore STRING protein–protein interactions via omicverse. The workflow mirrors [t_network.ipynb](../../omicverse_guide/docs/Tutorials-bulk/t_network.ipynb), covering species selection, S TRING API queries, and quick visualisation of the resulting network.

Instructions

Set up libraries
Import omicverse as ov and call ov.utils.ov_plot_set() (or

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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