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structural-bioinformatics

Análise de Bio.PDB, cálculo de distância/RMSD/TM-score, DSSP, Ramachandran, PWM/PROSITE, enriquecimento GO e uso da API REST do KEGG.

3estrelas
Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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When to Use

  • Parsing PDB files, computing distances/dihedrals/RMSD (Bio.PDB)
  • Secondary structure assignment (DSSP), Ramachandran analysis
  • Building and scanning PWMs; scanning with PROSITE patterns
  • Pfam/InterPro domain search (hmmscan)
  • GO/KEGG enrichment from a gene list

Quick Reference Tables

Protein Structure Levels

| Level | Stabilized by | |-------|--------------| | Primary | Peptide bonds (N→C sequence) | | Secondary | Backbone H-bonds (α-helix i→i+4, β-sheet) | | Tertia

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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