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structural-variant-detector

Habilidade de detecção de variantes estruturais para identificar CNVs, inversões, translocações e rearranjos complexos.

1.4kestrelas
Atualizado há 4 meses

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Como adicionar

/plugin marketplace add a5c-ai/babysitter

O comando exato pode variar conforme o repositório. Confira o README no GitHub.

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Structural Variant Detector Skill

Purpose

Enable structural variant detection for identifying CNVs, inversions, translocations, and complex rearrangements.

Capabilities

  • Split-read and paired-end SV calling
  • Copy number variation detection
  • Mobile element insertion detection
  • Complex SV resolution
  • SV annotation and visualization
  • Multi-caller integration

Usage Guidelines

  • Use multiple callers for comprehensive detection
  • Integrate results from different algorithms
  • Validate SVs with independent methods
  • Annotate SVs with functional impact
  • Visualize SVs for manual review
  • Document caller combinations and filters

Dependencies

  • Manta
  • DELLY
  • CNVkit
  • LUMPY
  • GRIDSS

Process Integration

  • Whole Genome Sequencing Pipeline (wgs-analysis-pipeline)
  • Tumor Molecular Profiling (tumor-molecular-profiling)
  • Long-Read Sequencing Analysis (long-read-analysis)
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