tcga-bulk-data-preprocessing-with-omicverse

Name: tcga-bulk-data-preprocessing-with-omicverse
Author: bg-szy

Dados e Análise

Autor: bg-szy

Guide Claude through ingesting TCGA sample sheets, expression archives, and clinical carts into omicverse, initialising survival metadata, and exporting annotated AnnData files.

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Atualizado há 4 meses

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TCGA bulk data preprocessing with omicverse

Overview

Follow this skill to recreate the preprocessing routine from [t_tcga.ipynb](../../omicverse_guide/docs/Tutorials-bulk/t_tcga.ipynb). It automates loading TCGA downloads, generating raw/normalised matrices, initialising metadata, and running survival analyses through ov.bulk.pyTCGA.

Instructions

Gather required downloads
Confirm the user has:
gdc_sample_sheet.<date>.tsv from the TCGA Sample Sheet export.

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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