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tooluniverse-rnaseq-deseq2

Desenvolvimento Autor: bg-szy

Production-ready RNA-seq differential expression analysis using PyDESeq2. Performs DESeq2 normalization, dispersion estimation, Wald testing, LFC shrinkage, and result filtering. Handles multi-factor designs, multiple contrasts, batch effects, and integrates with gene enrichment (gseapy) and ToolUniverse annotation tools (UniProt, Ensembl, OpenTargets). Supports CSV/TSV/H5AD input formats and any

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Atualizado há 4 meses
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RNA-seq Differential Expression Analysis (DESeq2)

Comprehensive differential expression analysis of RNA-seq count data using PyDESeq2, with integrated enrichment analysis (gseapy) and gene annotation via ToolUniverse.

BixBench Coverage: Validated on 53 BixBench questions across 15 computational biology projects covering RNA-seq, miRNA-seq, and differential expression analysis tasks.

Core Principles

  1. Data-first approach - Load and validate count data and metadata BEFORE an

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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