trackpy-particle-tracking

Name: trackpy-particle-tracking
Author: bg-szy

Escrita e Conteúdo

Autor: bg-szy

Python library for single-particle tracking (SPT) in video microscopy via the Crocker-Grier algorithm. Locate particles (fluorescent spots, colloids, vesicles, cells) per frame, link into trajectories, filter short tracks, and compute MSD for diffusion analysis. 2D/3D with subpixel accuracy; reads TIF stacks, AVI, image series via pims. Use for quantitative SPT and diffusion coefficient extraction

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trackpy

Overview

trackpy is a Python library for single-particle tracking (SPT) in video microscopy. It implements the Crocker-Grier algorithm to locate bright spots in each frame with subpixel precision, then links those positions across frames into continuous trajectories. From trajectories, trackpy computes mean squared displacement (MSD), diffusion coefficients, and motion classifications (confined, normal, directed). It handles 2D fluorescence videos, 3D confocal z-stacks, and large

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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