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virology-bioinformatics

Montagem de genomas virais, detecção de variantes intra-hospedeiro, filodinâmica e vigilância em tempo real.

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Atualizado há 6 meses

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/plugin marketplace add Pavel-Kravchenko/Bioinformatics

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virology-bioinformatics

Viral genome assembly, intra-host variant calling, phylodynamics, and real-time surveillance.

Quick Reference

| Task | Tool | Notes | |------|------|-------| | Trim ARTIC primers | iVar trim | -b primer.bed -e | | Align to reference | Minimap2 / BWA-MEM | -ax sr for Illumina | | Consensus genome | iVar consensus | -t 0.5 (majority base) | | Low-freq variants | LoFreq | SNV at ≥ 1% frequency | | Clade assignment | Nextclade | SARS-CoV-2, flu, RSV | | Lineage

[Description truncada. Veja o README completo no GitHub.]

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