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scanpy

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Pipeline padrão de análise de RNA-seq de célula única para controle de qualidade, normalização, redução de dimensionalidade (PCA/UMAP/t-SNE), agrupamento, expressão diferencial e visualização. É ideal para análise exploratória de scRNA-seq com fluxos de trabalho estabelecidos.

Dados e Análise#aipor K-Dense-AI

scientific-schematics

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Crie diagramas científicos com qualidade de publicação usando Nano Banana 2 AI e refinamento iterativo inteligente. Com revisão de qualidade via Gemini 3.1 Pro Preview, regenera apenas se necessário, especializando-se em arquiteturas de redes neurais, diagramas de sistemas, fluxogramas e visualizações científicas complexas.

Dados e Análise#aipor K-Dense-AI

scientific-visualization

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Uma meta-skill para criar figuras prontas para publicação, incluindo layouts de múltiplos painéis, anotações de significância, barras de erro, paletas seguras para daltônicos e formatação específica de periódicos (ex: Nature, Science, Cell). Ela orquestra matplotlib/seaborn/plotly com estilos de publicação, mas para exploração rápida, use seaborn ou plotly diretamente.

Dados e Análise#aipor K-Dense-AI

scikit-bio

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Um kit de ferramentas para dados biológicos focado em análise de microbioma, abrangendo análise de sequências, alinhamentos, árvores filogenéticas, métricas de diversidade (alfa/beta, UniFrac), ordenação (PCoA), PERMANOVA e E/S FASTA/Newick.

Dados e Análise#aipor K-Dense-AI

scikit-survival

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Um kit de ferramentas abrangente para análise de sobrevivência e modelagem de tempo até o evento em Python usando scikit-survival. Utilize esta skill para trabalhar com dados de sobrevivência censurados, realizar análises de tempo até o evento, ajustar modelos de Cox, Random Survival Forests, Gradient Boosting ou Survival SVMs, avaliar previsões de sobrevivência com índice de concordância ou Brier score, e lidar com riscos competitivos.

Dados e Análise#python#aipor K-Dense-AI

scvelo

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O scVelo realiza análise de velocidade de RNA para estimar transições de estado celular a partir da dinâmica de mRNA não-processado/processado, inferindo direções de trajetória, tempo latente e genes-chave em dados de RNA-seq de célula única, complementando Scanpy/scVI para inferência de trajetória.

Dados e Análise#aipor K-Dense-AI

scvi-tools

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Modelos generativos profundos para ômicas de célula única são ideais para modelagem avançada, efeitos de lote e dados multimodais, oferecendo correção probabilística de lote (scVI), aprendizado por transferência, expressão diferencial com incerteza e integração multimodal (TOTALVI, MultiVI). Para pipelines de análise padrão, use scanpy.

Dados e Análise#aipor K-Dense-AI

seaborn

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Visualização estatística com integração pandas para exploração rápida de distribuições, relações e comparações categóricas. É ideal para box plots, violin plots, pair plots e heatmaps, construído em matplotlib.

Dados e Análise#aipor K-Dense-AI

simpy

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Framework de simulação de eventos discretos baseado em processos em Python. Use esta skill para construir simulações de sistemas com processos, filas, recursos e eventos temporizados, como manufatura, serviços, tráfego de rede e logística, onde entidades interagem com recursos compartilhados.

Dados e Análise#python#aipor K-Dense-AI

sympy

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Use quando precisar de matemática simbólica exata em Python — álgebra, cálculo, resolução de equações, álgebra linear simbólica ou geração de código via lambdify/LaTeX. Prefira NumPy ou SciPy quando aproximações de ponto flutuante forem suficientes.

Dados e Análise#python#aipor K-Dense-AI

tiledbvcf

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Armazenamento e recuperação eficientes de dados de variantes genômicas usando TileDB. Ingestão escalável de VCF/BCF, adição incremental de amostras, armazenamento compactado, consultas paralelas e capacidades de exportação para genômica populacional.

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timesfm-forecasting

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Realize previsões de séries temporais zero-shot com o modelo fundamental TimesFM do Google. Ele lida com qualquer série temporal univariada (vendas, sensores, energia, sinais vitais, clima) sem treinamento de modelo personalizado, suportando entradas CSV/DataFrame/array para previsões pontuais e intervalos de predição, e inclui um verificador de sistema pré-voo.

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