Dados e Análise

Processar e transformar arrays de dados com operações comuns como filtragem, mapeamento e agregação.

Gerencia uma biblioteca pessoal hierárquica de memes/adesivos com tags visuais. Permite adicionar novos memes (individuais ou coleções) e recuperar os mais adequados contextualmente, usando um sistema de divulgação progressiva.

Acesse o RCSB PDB para estruturas 3D de proteínas e ácidos nucleicos. Permite buscar por texto, sequência ou estrutura, baixar coordenadas (PDB/mmCIF) e recuperar metadados, sendo essencial para biologia estrutural e descoberta de fármacos.

Um sistema de IA multiagente para assistência em pesquisa científica, automatizando fluxos de trabalho da análise de dados à publicação. Ele suporta pipelines de pesquisa completos, incluindo a geração de ideias, desenvolvimento de metodologias, execução de experimentos, buscas bibliográficas e a criação de artigos prontos para publicação em formato LaTeX.

Merge, concatenate, sort, intersect, and subset VCF files using bcftools. Use when combining variant files, comparing call sets, or restructuring VCF data.

Parses, queries, converts, and extracts from GTF and GFF3 gene-model annotation files - walking the gene/transcript/exon/CDS hierarchy with gffutils (queryable SQLite DB), converting formats and extracting transcript/CDS/protein FASTA with gffread, slurping to dataframes with gtfparse/pyranges, and sanitizing malformed files with AGAT. Covers the 1-based-inclusive vs 0-based BED coordinate convers

Automated SQL injection detection and exploitation tool for web application security testing. Use when: (1) Testing web applications for SQL injection vulnerabilities in authorized assessments, (2) Exploiting SQL injection flaws to demonstrate impact, (3) Extracting database information for security validation, (4) Bypassing authentication mechanisms through SQL injection, (5) Identifying vulnerab

Monitore a saúde e o desempenho da infraestrutura Proxmox. Acompanhe as estatísticas dos nós, analise a utilização de recursos e identifique oportunidades de otimização em seu cluster.

Build circular genome visualizations using circlize (R), pyCirclize (Python), or Circos (Perl CLI) with ideogram tracks, multi-data tracks (scatter, histogram, heatmap), chord/link arcs for interactions, and explicit circos.clear() between plots. Covers when circular is appropriate vs when Cartesian wins (Cleveland-McGill 1984), karyograms, and chromosome adjacency in chord diagrams. Use when adja

Query ReMap 2022 TF ChIP-seq peak database via REST API and BED downloads. Retrieve TF peaks overlapping a region (chr:start-end), peaks near a gene, TFs by species, peaks filtered by biotype (promoter, enhancer), and BED files for a TF-cell type pair. Use for TF co-occupancy, regulatory annotation, and TF binding atlases. Use jaspar-database for PWM motifs; encode-database for ENCODE tracks.

Process and analyze tissue images from spatial transcriptomics data using Squidpy. Extract image features, segment cells/nuclei, and compute morphological features from H&E or IF images. Use when processing tissue images for spatial transcriptomics.

Lightweight WSI tile extraction and preprocessing. Use for basic slide processing, tissue detection, tile extraction, and stain normalization for H&E images. Best for simple pipelines, dataset preparation, and quick tile-based analysis. For advanced spatial proteomics, multiplexed imaging, or deep learning pipelines use pathml.