Pavel-Kravchenko

Algoritmos de casamento de padrões — ingênuo, KMP (função de falha), Rabin-Karp (hash rolante) e casamento baseado em DFA para busca de sequências.

Algoritmos de grafo (BFS, DFS, Dijkstra, MST, ordenação topológica) e programação dinâmica (memoização, tabulação, problema da mochila, alinhamento de sequências).

Testes de hipóteses em R e métodos não paramétricos: teste binomial, teste de sinal, Wilcoxon, Kruskal-Wallis e análise de poder. Utilize ao escolher e aplicar testes estatísticos em R.

Análise de balanço de fluxo e modelagem metabólica com COBRApy. Use para prever fluxos metabólicos, simular nocautes genéticos ou analisar modelos estequiométricos.

Uma BST auto-balanceada (Adelson-Velsky & Landis, 1962) que garante operações O(log n) por meio de rebalanceamento baseado em rotações.

Construa programaticamente o código genético padrão e traduza DNA para proteína. Compreenda a degenerescência do códon, calcule estatísticas de uso de códons (RSCU, CAI) e realize digestões virtuais com enzimas de restrição.

Representações de grafos — matriz de adjacência, lista de adjacência, lista de arestas — com tabelas de complexidade, padrões de implementação e casos de uso em redes biológicas.

Pipeline de ChIP-seq que inclui controle de qualidade, alinhamento, deduplicação, chamada de picos com MACS2 e normalização de sinal com deepTools.

Implementa alinhamento de sequências global (Needleman-Wunsch) e local (Smith-Waterman), cobrindo o preenchimento da tabela de programação dinâmica (DP), rastreamento e matrizes de pontuação.

Padrões computacionais de cinética enzimática, incluindo ajuste de Michaelis-Menten com scipy, intervalos de confiança bootstrap, determinação do tipo de inibição, cooperatividade alostérica e cinética de múltiplos substratos.

Comparação de plataformas NGS, formato FASTQ, pontuações de qualidade Phred e métricas de QC. Referência para seleção de tecnologia de sequenciamento e avaliação da qualidade de leitura.

Árvores geradoras mínimas — Kruskal (Union-Find, O(E log E)) e Prim (heap, O((V+E) log V)), agrupamento MST.