Pavel-Kravchenko

Fluxos de trabalho para análise de expressão diferencial e normalização de RNA-seq.

Análise de dados de proteômica: identificação de peptídeos, quantificação, análise de PTM e fluxos de trabalho de inferência de proteínas.

ATAC-seq de Célula Única: Acessibilidade da Cromatina com NumPy

Realiza a análise de triagens CRISPR utilizando MAGeCK.

Construção, pontuação, varredura, conteúdo de informação, logos de sequência de PWM/PFM/PPM e conversão de padrões PROSITE.

Lista encadeada simples — implementação completa com ponteiros de cabeça/cauda, incluindo operações de inserção, exclusão, busca e inversão, além de uma tabela de complexidade.

Python Essencial para bioinformática: tipos, manipulação de bio-strings (códons, complemento reverso), funções e I/O de arquivos FASTA/GenBank.

Pipeline bioinformático integrativo — QC de sequências, identificação por BLAST, MSA, filogenética, análise de estrutura, enriquecimento GO e figuras para publicação.

Árvore de prefixos para inserção/busca de strings em O(m) e consultas de prefixo em O(p+k); ideal para autocompletar e verificação de pertinência em dicionários.

Explora o uso de listas e tuplas em bioinformática para extração de códons, registros de coordenadas genômicas, tuplas nomeadas e semântica de cópia, focando apenas em padrões bioespecíficos.

A Tipagem HLA identifica alelos de antígenos leucocitários humanos, cruciais para a apresentação de antígenos e o início das respostas imunes.

Arquitetura Enformer para predição regulatória a partir de DNA, mutagênese in silico (ISM) e priorização de variantes.