Pavel-Kravchenko

Variantes do Problema da Mochila (Knapsack DP): 0/1, ilimitado e soma de subconjuntos, com rastreamento e otimização de espaço.

Montagem metagenômica com MEGAHIT, agrupamento de contigs com MetaBAT2 e avaliação da qualidade de MAGs com CheckM. Inclui sinais de agrupamento, estratégia multi-amostra e níveis de qualidade MIMAG.

Padrões de inferência de modelos de visão-linguagem para documentos científicos.

NumPy para bioinformática aborda operações vetorizadas, broadcasting para matrizes de expressão, construção de PWM, cálculo de GC em janela deslizante com cumsum e receitas de normalização.

Correção da estrutura populacional e controle de qualidade ciente da estratificação para estudos de associação.

Fundamentos do BioPython: objetos Seq/SeqRecord, I/O de arquivos SeqIO, API Entrez e alinhamento pareado com PairwiseAligner.

Probabilidade para Bioinformática com NumPy

Atravessamentos de Grafos: BFS e DFS com Matplotlib

Padrões de OOP para bioinformática, incluindo bancos de dados de sequência indexáveis, BioSeq fatiável, avaliadores de motivo chamáveis, __slots__ para milhões de variantes e mixins composíveis.

Previsão Zero-Shot do Efeito de Mutação com NumPy

Embeddings ESM2, predição de estrutura ESMFold, pontuação de mutação zero-shot e design de proteínas.

Enriquecimento de Gene Ontology e vias, incluindo estrutura GO, teste hipergeométrico/Fisher, ORA vs GSEA, FDR de Benjamini-Hochberg e padrões de API KEGG/Reactome.