Pavel-Kravchenko

Elementos promotores centrais: caixa TATA, ilhas CpG, construção de PWM e varredura de TFBS. Cartão de referência complementar para análise regulatória bioaplicada.

Fundamentos essenciais da linha de comando Linux para bioinformática: navegação, operações de arquivo, pipes, grep, inspeção de formato de arquivo e um guia de sobrevivência para o Vim.

Processa dados de WGBS e RRBS utilizando Bismark.

Pipeline de montagem de genoma viral — sequenciamento de amplicons ARTIC, chamada de variantes iVar/LoFreq, detecção de quasispecies/variantes minoritárias, limiares de QC e principais armadilhas.

Alinhamento de Sequências Pareadas com NumPy

Montagem de genomas virais, detecção de variantes intra-hospedeiro, filodinâmica e vigilância em tempo real.

Listas encadeadas, pilhas, filas, arrays dinâmicos, árvores BST/AVL/Rubro-Negras, tabelas hash com resolução de colisões e filtros de Bloom.

Acesso programático a NCBI (Entrez), UniProt, GEO e SRA, abordando tipos de acesso, padrões de API, limites de taxa e ligação entre bancos de dados usando BioPython.

Estatística com Python

Análise de diversidade microbiana, cobrindo métricas alfa/beta, métodos OTU/ASV, atribuição taxonômica e comparação de comunidades. Utilize para dados de amplicons 16S ou microbioma.

Matplotlib e seaborn para figuras de bioinformática: gráficos de vulcão, mapas de calor, gráficos MA e trilhas genômicas. Aborda armadilhas críticas para figuras com qualidade de publicação.

Previsão da estrutura e interpretação da confiança de AlphaFold/ESMFold.